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岑特新闻:研究microRNA,你需要知道这件事

阅读次数:639   发布时间:2019/12/25 10:03:03

终于等来了权威microRNA数据库miRBase的大规模更新——升级至22.0版。*新版数据库发生了如下更新:

miRNA序列新增超过30%,成熟体miRNA总数达到49184条
✿数据库新报道48个物种的miRNA
✿新增miRNA序列主要来自新收录的物种
✿对收录和管理测序数据集的方法进行了优化
✿对大量的序列进行了修正(序列更名、修改、删除等),再次提升序列真实性

研究人员使用古朵的测序技术鉴定到非常多的新的miRNA,既有对miRBase已收录物种miRNA的补充和完善,又有许多物种的miRNA是首次收录进数据库,如Capra hircus(山羊)1,Plutella xylostella(小菜蛾)2等。

1. Wu J, Zhu H, Song W, Li M, Liu C, Li N, Tang F, Mu H, Liao M, Li X. (2014) Identification of Conservative MicroRNAs in Saanen Dairy Goat Testis Through Deep Sequencing. Reproduction in Domestic Animals. 49(1):32-40
2. Liang P, Feng B, Zhou X, Gao X (2013) Identification and Developmental Profiling of microRNAs in Diamondback Moth, Plutella xylostella (L.). PLoS ONE 8(11), e78787.

我们再来选取医学、农学研究中9个常见的模式物种,来看看它们的成熟体miRNA在22.0和21.0版miRBase中的数量变化(见表1)。对于医学实验*关心的人、小鼠和大鼠,新增miRNA数量*多的是人,新增106条,其次是小鼠,新增99条,大鼠这次仅新增4条。由于这三个物种报道的miRNA数量较多,新增数量占已报道数量的比例不超过5%。在植物研究中常见的拟南芥、水稻、玉米,它们仨的miRNA增幅也不大,新增*多的水稻只增加了44条,约占报道数量的6%。再看猪、牛、羊三种常见动物模型,除牛miRNA有大幅度增加,新增近四分外(新增252条),猪新增50条,由于猪miRNA总量少,新增比例超过10%,而羊(Ovis aries)此次没有新增miRNA。

表1 常见模式物种成熟体miRNA数量比较



本次数据库更新是耗时4年的大规模更新,全面收集了各种研究报道的miRNA序列,特别是测序发现的miRNA。而模式物种新增miRNA不多,是否表示模式物种的miRNA已接近全部发现了呢。再通过测序鉴定出模式物种中新的miRNA的可能性是否已很小了呢。

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